Dôležitou súčasťou každého biskupstva bolo a bude, aby vychovávalo svoje budúce kňazstvo. Počiatky takejto výchovy v dnešnej prešovskej arcidiecéze a metropólie kladieme do roku 1880. Bol založený v dobe biskupa Dr. Mikuláša Tótha. Jeho otvorenie sa datuje k dňu 12. september 1880. Tak sa po 62 rokoch, od založenia prešovského biskupstva, splnila dlhodobá túžba miestnej diecézy mať svoj vlastný seminár. Keďže počet bohoslovcov v seminári sa každým rokom zvyšoval, v roku 1901 bol vypracovaný plán pre rozšírenie seminára.

Seminár v období biskupa Pavla Gojdiča, môžeme charakterizovať ako snahu udržať ho na duchovnej výške. Pastierskymi listami vyzýval veriacich a duchovenstvo, aby prispievali a podporovali seminár. Pre tieto účely zriadil seminárny fond tzv. Seminaristicum. Sľubný rozvoj seminára zastavil až rok 1950, kedy bol seminár rozpustený a predstavení seminára uväznení.

Uvoľnenie situácie nastalo až v roku 1968. Gréckokatolícka cirkev sa okrem iného začala dožadovať obnovenia svojej teologickej fakulty a formácie bohoslovcov v seminári. Rok 1989 znamenal pre spoločnosť zmenu. Gréckokatolícka cirkev v 1990 obnovila činnosť kňazského seminára a bohosloveckej fakulty. Od roku 1998 patrí Kňazský seminár spolu s Teologickou fakultou k Prešovskej univerzite.

Tak ako je pre každého človeka najdôležitejším orgánom srdce, bez ktorého by nemohol žiť, tak je pre seminaristu v jeho formácii najdôležitejším „miestom“ kaplnka. Aj gréckokatolícky seminár v Prešove má takéto miesto, ktorým je kaplnka najsvätejšej Trojice. Prečo je práve kaplnka pre nás všetkých taká dôležitá? Pretože na tomto mieste, kde seminarista každý deň začína a končí, je stále prítomný Ježiš Kristus.